與一般的投資項目相比，
CDM 項目需要滿足額外的要求，履行額外的審批程序，這使得
CDM 項目的開發給開發者帶來一些額外的交易成本。在整個 CDM 項目開發過程中主要將發生以下費用：
1、項目開發中介的服務費用（包括發展／選擇基準線
方法學并且估計項目減排量、PDD文件起草等）；
2、DOE項目審定費用；
3、EB注冊費用：注冊費用根據預計年減排量計算，15,000噸以內的部分每噸征收0.1美元，以外的部分每噸征收0.2美元，但總注冊費用不超過350,000美元。同時，EB 對預計年減排量15,000噸以內的項目不征收注冊費用；
4、監測費；
5、DOE核實核證費；
6、EB征收的行政開支和適應性費用，包括：
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* 扣除CER量的2%；
* 根據簽發 CER 量計算征收的費用，每年前15,000噸每 CER 征收0.1美元，超出部分的每 CER 征收0.2美元。同時已經交付的注冊費用可以抵消第一年的征收費用。
7、中國政府收取一定比例的 CER 管理費用，具體比例為：
* 氫氟碳化物（HFC）和全氟碳化物（PFC）類項目，國家收取轉讓溫室氣體減排量轉讓額的65%
* 氧化亞氮（N2O）類項目，國家收取轉讓溫室氣體減排量轉讓額的30%
* 本《辦法》規定的重點領域以及植樹造林項目等類清潔發展機制項目，國家收取轉讓溫室氣體減排量轉讓額的2%
在上述費用中，監測費用、核實核證費用、適應性費用和管理費用是在整個項目過程中一直發生的，其余費用則是一次性的。有些費用也可以通過適當的方式降低。
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