單個企業配額分配方法未知
盡管目前控排企業對于分配制度大體滿意，但是出于開發更高效率和更公平的分配方法的目的，一些企業還是提出了疑慮。
各交易試點對單個控排企業的分配方法并未公布，也未公布分配明細。
此外，《報告》中指出一些企業強烈反對歷史法，特別是有高效技術的企業，因為他們認為歷史法某種程度上是在補貼低效設施。
“因此，初始免費配額額度不應只基于歷史排放數據。”吳倩認為。
對于在多個試點區域擁有設施的公司而言，管理配額并遵守相關規范是比較困難的。電力部門相對比較容易處理，因為所有試點在納入電力企業時考慮了設施的排放效率。即便如此，電力公司還是花費大量時間理解不同試點中分配方法的細微差異。
就制造業領域而言，分配規則差異更大，增加了企業的管理成本。例如，某個碳排放較多的化工設施不需要參加廣東省的碳排放權交易，而同一公司的較小設施卻需要參加天津碳排放權交易。因為廣東并不將化工業作為覆蓋行業，而天津卻相反。
根據目前所出現的一些問題，《
中國碳排放交易機制：配額分配初始評估》建議，開發并公開詳細的分配計劃。政府應該公開與配額計算過程和分配到具體設施過程相關的有效信息。這將會增加分配過程的透明性，提升系統公信力。行業將能理解規則并從中獲益，也會貢獻行業信息。
此外，逐漸減少免費分配的比例，并謹慎考慮行業競爭性。只有市場獲得未來政策將從緊這一信號，投資才會流向提高能源效率或其他減排措施。
《報告》還指出，需要鼓勵并謹慎安排
拍賣。對于
拍賣的低價、拍賣的總量等關鍵問題需要認真研究。應該最大程度減少政府對拍賣的干預。通過公共競拍
平臺，用市場機制發現碳
價格是成本效率較高的拍賣方法。不過其仍有許多問題尚待解決，例如，拍賣的法律地位、誰是拍賣方、如何使用收入等。
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