我國目前對氣體排放權的初始分配制度存在一定的缺陷，一方面，我國還主要采取自愿減排措施，許多企業擔心現在減排越多，日后實施總量管制時，自己所分配到的排放額可能會相應減少。在此顧慮下，企業難有實行節能減排的動力。同時，也存在新建企業和已建企業之間在排污權初始分配的不公平；另一方面，排污權名義上是公共資源，實質上為政府所管轄，成為管理部門的權力資源。因此，由于政府失靈的存在，受到利益驅動而存在一定的尋租行為，導致排放權交易受到管理部門操縱的影響。
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也有報告指出，配額總量是否合理直接關系到碳交易制度能否有效發揮其基本功能，需考慮的因素主要包括地方單位GDP 碳強度下降指標、能源消費總量控制目標、相關行業發展規劃、技術水平和減排潛力等因素，既要合理限制各行業碳排放量，也要為相關行業預留一定發展空間，最大的挑戰是對未來經濟和行業發展不確定性的處理方式。配額分配方式主要有免費和有償兩種，各試點基本思路是初期以免費為主、拍賣為輔甚至全額免費方式，逐漸向有償分配過渡。從操作上看，拍賣的方式相對簡單，免費分配有基于歷史排放的祖父法和基于行業效率的基準線法。祖父法需要掌握企業的歷史排放，操作相對簡單，但存在“鞭打快牛”不利于激勵企業積極減排的缺陷，在設計時需適當彌補企業的先期減排行動；基準線法雖然有利于激勵企業技術創新，但對行業基準線的研究基礎薄弱，目前不具備大范圍開展的條件。（完）
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