政府通過拍賣方式分配配額，從經濟學上來說效率最高，同時也能讓控排企業為自身排放付費，符合“誰污染誰付費”的原則。但政府通過“創造”出一個全新的市場，然后通過市場拍賣獲得大量金錢，如果沒有一個合理的章程安排這部分資金，將容易遭受社會的非議。因此，政府在決定將部分/全部配額進行拍賣時，應制定款項使用細則，并向社會公布。
理論上說，政府拍賣配額后的收入有以下幾種處理方法：
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一、通過某種方式返還競賣方。政府可以將拍賣所得設立基金，支持競賣方有利于產生應對氣候變化效益的產業活動。例如成立有關的減排技術資助項目，企業進行有關的減排技術改造可以申請補貼。 內/容/來/自:中-國-碳-排-放*交…易-網-tan pai fang . com
二、減少某種特定稅種的稅率。根據“稅收中性”原則，政府在增加一個新稅種的同時，應該減輕已有稅種的稅率，保持企業總體負擔不變。雖然企業參與配額拍賣與納稅不同，但政府若每年都要求企業參與拍賣或定價購買配額，那從實際效果上同樣是增加了企業的負擔。因此減少企業其他稅種方面的稅率也是一個增加企業接受程度的辦法。 本+文`內.容.來.自：中`國`碳`排*放*交*易^網 t a np ai fan g.com
三、放入政府一般性收入中。如果通過減少其他稅種稅率等方式減少企業負擔，則會造成政府收入減少，可以將拍賣納入政府財政中予以補充。但如果沒有其他返還或者企業減負的途徑，直接納入到政府的一般性收入中，則容易引起爭議。
四、返還消費者。企業在付出金錢購買配額后，往往會通過提價等方式從消費者手中收回成本。政府可以設計特殊的規則，將拍賣所得補貼到消費者身上，減少消費者的負擔。
五、投入其他低碳減排項目。政府可以建立專項基金，支持有利于加強應對氣候變化能力建設和提高公眾應對氣候變化意識的相關活動。或基金通過有償使用方式支持有利于產生應對氣候變化效益的產業以及金融活動。
實際例子
廣東：建立全國首個低碳發展基金 禸嫆@唻洎：狆國湠棑倣茭昜蛧 τāńｐāīｆāńɡ.ｃōｍ
根據廣東省發改委官員接受南方日報的采訪，2013年5次配額有償競價拍了6.67億元，其中6億元拿來做碳基金。碳基金將吸引社會資本提高投資杠桿，創新綠色投融資模式，通過市場化獨立運作，實現基金的良性循環和可持續發展。以后每年碳配額有償拍賣，80%的收入都要進入基金，主要用于推動控排企業交易履約、支持企業節能減碳項目建設，并推進碳金融和低碳產業發展。 本文@內/容/來/自:中-國-碳^排-放-交易&*網-tan pai fang . com
歐盟：多渠道補貼以及促進低碳投資
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歐盟規定配額拍賣收入中必須至少有一半用于減少溫室氣體排放、減緩和適應氣候變化，各成員國必須向歐盟報告資金使用情況。例如，避免毀林和發展可再生能源、能效等有助于向安全可持續的低碳經濟轉型的技術以及涉及能力建設、技術轉移和研發等方面的措施。另外，還有部分拍賣收入將用于低收入家庭補貼。
歐盟主要通過兩種方式碳市場進行低碳融資。一是拍賣收入使用的設計，歐盟拍賣收入用于投入清潔能源項目、能效項目等；二是投資項目，歐盟設立了多個投資項目，其中最重要的就是“NER300”融資計劃。 夲呅內傛萊源?。骇鎲┨?排*放^鮫*易-網 τā ńｐāīｆāńɡ.ｃōｍ
加州：通過特殊規則補貼消費者
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配電企業的免費配額是基于長期購電計劃計算得出的，全部配電企業每年可分得的配額總量為9,770萬噸乘以每年的上限調整因子。配電企業所獲得的所有免費排放配額都必須在市場上拍賣且拍賣所得必須全部用于補貼電力消費者；配電企業本身并不是加州碳交易機制的納入企業，加州政府通過將免費配額分配給不在納入范圍的配電企業來平抑電價上漲，同時避免了歐盟在碳交易機制初期發電企業利用規則獲取額外利益（Windfall Profits）的弊端，這是加州碳交易體系的一大創新和亮點。
未來的全國碳市場，各省將有自主分配本省配額的權力，其中也有可能使用拍賣方法。那么，如何有效對拍賣所得進行利用，促進碳交易機制以及低碳減排的發展，將是各地主管官員面臨的一道題目。
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