財政部在出臺文件之前通過了充分研究和調查，但是依然存在如下問題：
一、樣本調研不準確 本*文`內/容/來/自:中-國-碳^排-放“交|易^網-tan pai fang . c o m
財政部部長樓繼偉談到，調研中聽到了兩種聲音：其中，贊成的是以專家和市場化運作、專業化運作的企業為主，認為符合方向。叫苦的主要是市政單位，因為他們的不專業化運作，沒有開增值稅發票的需求，而且長期享受免稅政策，所以對政策調整還不太適應。 本`文@內-容-來-自；中^國_碳0排0放^交-易=網 ta n pa i fa ng . co m
這與市政環境行業主流企業所反饋的情況并不相同。在我們的調研中，無論是市場化、專業化公司還是非市場化、非專業化公司均表示：目前環境治理服務企業規模相對弱小、屬于微利的公用行業，78號文在毫無征兆的情況下出臺，無形中突然加大了企業的稅負，讓本就微利的環境治理企業在收益打上了一個折扣，在很大程度上打擊了企業的積極性。 內.容.來.自：中`國`碳#排*放*交*易^網 t a np ai f an g.com
二、鼓勵市場化轉型？實際情況恰恰相反 夲呅內傛萊源亍：ф啯碳*排*放^鮫*易-網 τā ńｐāīｆāńɡ.ｃōｍ
根據 E20研究院所統計的數據，污水特許經營的投資運營集團所運營的污水處理廠數量在全國占比達到47%。而這些公司一般都已跟政府簽訂固定的價格，本次稅負調整后想從政府獲得價格補償非常困難，這將會造成企業的直接損失。在PPP落地普遍困難的當前，上述舉措會大大挫傷社會資本對政府契約精神的信心和合作意愿。
三、關注細分行業不準確
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全國政協常委王毅建議，財政部下一步會同國家稅務總局、國家發改委、住建部，包括行業協會對78號文落實情況到企業做一些深入調研，特別是垃圾回收企業。
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但是眾多業內龍頭企業表示，78號文的出臺對于污水處理企業以及垃圾焚燒企業的影響，要比垃圾回收企業嚴重得多，如果這項政策就此執行，會傷害到已在過去10多年特許經營的推行過程中，發展成熟起來的一批市場化、專業化的環境治理主力軍。 本/文-內/容/來/自:中-國-碳-排-放-網-tan pai fang . com
四、部委間合作仍不密切
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在PPP領域，住建部自2003年以來的特許經營改革已取得了實質性的成就，有初具規模的產業主體，有大量的寶貴經驗和教訓。從78號文的出臺可以看出，部委之間行動中依然不夠默契，而在PPP這樣一個橫跨多個專業、具有高度復雜性的模式上，這樣的欠缺更加妨礙其順利推進，也許這是一年來PPP落地難的原因之一。 本`文@內/容/來/自:中-國^碳-排-放^*交*易^網-tan pai fang. com
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