配額分配的方式通常有3種，即免費或
拍賣，或者是兩者結合。除了RGGI，所有的碳排放交易體系初始階段的配額分配都是免費的。這樣做的好處主要是：免費分配可以減少管制對象的阻力，可以減輕排放轉移的影響，能夠在初期促進流動性。因此，從增強碳排放交易體系的可行性以及減輕
履約成本來看，中國在初期只能選擇免費分配。
免費分配的方法需要確定基準方法和基準年。免費分配的基礎方法通常為歷史排放法。
靈活履約機制是指在不影響排放交易體系環境完整性的前提下，為了降低管制對象的履約成本，增強碳交易體系對非碳交易體系覆蓋行業的影響，減輕排放轉移現象的發生而設計的靈活履約機制。柔性機制在穩定碳價格、降低履約成本、限制排放轉移方面有重要作用。
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目前常見的靈活履約機制有以下幾種：履約期長度、配額儲備、配額借貸、RGGI的“安全閥”機制、加州CAT的配額儲備庫以及碳抵消機制。
履約期是指管制對象必須提交等同于其年度實際溫室氣體排放量的配額或核證減排量以抵消自己實際產生的碳排放量的時間期間。據易碳家了解到，國際碳交易體系的履約期長度多數為一年，即每年管制對象都必須提交配額或核證減排量以抵消自己實際產生的碳排放量，如EU ETS。而近幾年建設或設計中的碳交易體系基本傾向于延長履約期。如果履約期較長，則企業采取合理減排措施降低溫室氣體排放、實現減排目標在時間上更為充裕，也更有利于企業從長遠角度考慮其投資戰略來降低溫室氣體排放。簡言之，有利于激勵企業加大在低碳技術和清潔技術方面的投資和應用。
配額儲備，是指允許本履約期/交易期的配額可以跨期使用?；旧纤械呐欧沤灰左w系均認可配額儲備機制。配額儲備機制另外的一個重要作用是可以激勵企業最大限度地減排溫室氣體，因為超額減排而結余下來的配額可以長期儲備，具有經濟價值。
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